1980-ci ildə ulu öndər Heydər Əliyev respublikanın bütün rayonlarında tarix-diyarşünaslıq muzeyləri yaratmaq barədə fərman imzaladı. Həmin dövrdə yaranan muzeylərdən biri də Ağdaş Rayon Tarix-Diyarşünaslıq muzeyidir. Muzey 1986-cı ilin yanvar ayında fəaliyyətə başlamışdır. Yarandığı zaman fondda təqribən 3000-ə yaxın eksponat olmuşdur. Yarandığı 25 il ərzində muzey eksponatların sayının artması, gələn tamaşaçıların ildən-ilə çoxalması və s. baxımdan işini uğurla davam etdirir.

 Muzeyin fondu əsas və köməkçi fonddan ibarətdir. Əsas fondda kağız və fotosənədlər, məişət və etnoqrafik əşyalar üstünlük təşkil edir.Hal hazırda muzeyin fondunda 6000-ə yaxın eksponat qorunub saxlanır.

Muzey 2015-ci ildə yeni binaya müasir binaya köçürülmüşdür.Həmin il Azərbaycan Respublikasının Mədəniyyət və Turizm naziri cənab Əbülfəs Qarayev Ağdaş rayonunda səfərdə olarkən muzeydə gedən yenidənqurma işləri ilə tanış olmuş,öz tövsiyyə və tapşırıqlarını vermişdir.